La mission que lui confie l’Agence est d’éliminer Diana Burnwood (son agent de liaison) car elle a trahi l’ICA en enlevant Victoria. Cette jeune fille semble être d’une importance vitale pour l’Agence et cette mission ne pouvait être réalisée que par 47, l’assassin légendaire au crâne tatoué d’un code-barres.
L’Agent 47 effectue sa mission avec professionnalisme, comme d’habitude. Il tient son rôle de tueur à gages le plus célèbre à la perfection. Une mission simple, en douceur, sans effusion de sang, ou très peu. Son « outil » de prédilection qu’est la corde de piano fait très bien son office. Avec quelques déguisements en plus, une utilisation modérée de ses Silverballer (avec silencieux, c’est mieux) et le tour est joué. A chaque situation, il va devoir adapter son comportement, pour ne pas faire de victimes innocentes.
Mais cette mission est la mission de trop. L’Agent 47 se pose des questions, sur l’Agence, Victoria, sa dernière mission, mais surtout sur lui-même. Vient alors le moment du questionnement et il décide alors de se retourner contre l’ICA et de faire la lumière sur cette histoire, menant de front des recherches, seul contre tous, dans les rues de Chicago. Une recherche de réponses qui va, très normalement, être compliquée et parsemée d’embûches.